自1895年起120余年中，台湾与中国大陆之间只有短短4年的政治关系（1945年~1949年），而此有所联系的中华民国已于1949年12月将中央政府迁至台北市。台澎金马与中华人民共和国政府从无实质关系，（中华民国政府于李登辉时代前概不承认中华人民共和国政府，仅将中国大陆视为“共匪窃占”的神圣领土、中共政权为叛乱团体，主张“反攻大陆，统一中国”）。（从李宗仁解释的台湾问题之开始）
时至今日，中华民国政府的立场，自1990年代李登辉总统之后开始改变，因应于国家未统一之现状，冻结部分宪法条文（并非废除）[20]，不再否认中华人民共和国政府对大陆地区的实际控治及不再视中共当局为叛乱团体、承认蒙古的存在，并放弃以武力收复大陆失土[21]。但中华民国政府在法理上并未放弃对中国大陆地区主权，仅将领土区分为对等地位的中国共产党实际控制的“大陆地区”以及台澎金马的“自由地区”，宪法条文仅在自由地区施行[11]此在中华民国宪法增修条文中未修正领土相关条文可见。
1947年二二八事件后，一部分先前在台湾日治时期的前台湾共产党人士逃往中国大陆、香港。其中统独立场皆有，其中谢雪红、杨克煌、苏新等人于1947年11月12日（孙中山诞辰纪念日）在香港成立台湾民主自治同盟[22]。1949年7月10日，台盟由香港辗转得到一份《台湾耻政三周年告同胞书》并予以复制在台湾发送。但7月14日即遭举发，台湾省警备总司令部随即逮捕印刷成员廖学锐、郑庆龙，这就是白色恐怖中的廖学锐案。1949年9月，台盟参加中国共产党召开的第一届中国人民政治协商会议第一次全体会议，参与制定共同纲领。1955年，台盟中央迁至北京。当台湾省保安司令部获悉台盟已迁至北京后，下令严办廖学锐案。又再牵扯出30余人，廖学锐与其他11名涉案者最后被中华民国政府枪决。现时台盟成为中国大陆立法机关全国人民代表大会第八大党[23]。
中华民国在台湾自1950年起开始实施县市地方自治，吴三连与高玉树等台籍非中国国民党人士亦多次当选为具地方实权之台北市市长。中华民国的民主化在中央政府决定于1987年开放组党结社、组织参加集会游行、从事政治活动、自由办报或出版刊物后有了更全面的进展。1991年起国会全面选举，也象征中华民国迈向民主国家。中华民国总统李登辉与国民大会在民主化与1994年台湾省长民选的叶尔辛效应（中国大陆译为叶利钦）压力下，于1995年修改并冻结部分宪法，而于选举总统和副总统时适用《中华民国宪法增修条文》，一改先前由国民大会代表间接选举的方式。于台湾、澎湖、金门、与马祖举行之总统直接选举于1996年首次办理，也让中华民国成为真正的民主国家。
台湾问题不仅仅是由马关条约或国共内战所导致，台湾问题之原因，实际上也离不开文化冲突、自由民主与专制政治制度之对立迥异以及美国和中国大陆的角力。而中国大陆由中国共产党一党专政，其政治制度无法被台湾人民所接受，而绝大多数台湾民意长期且稳定地支持维持现状。[24]
对于台湾问题，双方对于海峡两岸“现状”，即台湾政治及法律地位，各方有不同立场与见解，甚至对历史本身也有不同认知与解读。一方面中华人民共和国在2005年制定《反分裂国家法》。针对中国大陆之武力威胁，中华民国国会立法院于2003年制定《公民投票法》，保障国民举行公民投票的权利，其中的第十七条“防御性公投”（公投－国家安全事项）条款规定“当国家遭受外力威胁，致国家主权有改变之虞，总统得经行政院院会之决议，就攸关国家安全事项，交付公民投票。”[25]
台湾问题形成初期，海峡两岸纠结于“中国代表权问题”。台湾内外均有官方或非官方人士提出“台湾地位未定论”，这个理论以《开罗宣言》仅为新闻稿宣言且各国并未签字为由，代之以具国际法效力之《旧金山对日和平条约》（简称《旧金山和约》）中，仅明载日本国“放弃”台湾及澎湖列岛之权利，而未言明交予何国为法理基础，向美国旧金山法庭提出诉讼；同时，过去中国国民党作为“台湾新统治政权”在台湾长期威权独裁统治、中华人民共和国政府长期闭锁中国大陆边境并进行社会主义改造与言论管控，两岸经济发展差距等原因，造成两岸很大差异与隔阂；中华人民共和国政府对台湾武力威吓，中华民国政府的外交空间被打压；台湾独立运动，台湾本土意识形态崛起；部分台湾人（包括激进独派）对中国大陆人之歧视，部分中国大陆人（包括激进统派）对台湾人之歧视；部分政治家操作族群意识、统独议题，两岸媒体对对岸之片面报导，都造成两岸间不少误解与对立。另外，1980年代中国大陆改革开放后，大批台商开始“登陆”。2000年以来，经济全球化程度不断发展，台湾经济发展趋缓，而中国大陆在经济地位上提升，成为台湾最大贸易伙伴。部分台湾民众和台湾独立人士认为是中国大陆崛起造成了台湾产业、人才、资金外流，台湾劳工失业增加，并以此作为反对两岸经贸合作、人员往来之理由。
台湾方面，1990年代起，中华民国政府不再否认中华人民共和国政府，并放弃武力反攻大陆。有人认为，此后台湾问题之症结已由“中国代表权问题”转化为统一与独立之争、中国化与台湾本土化（去中国化）之争。[26][27]
除了这种强烈之二分法，也有人认为还有第三种中间路线存在——采用邦联制或联邦制等来解决，欧盟模式是为典型[28]；同时去中国化（或说去中华人民共和国）并不必排斥中华文化[29]；民调也显示，大多数台湾民众支持维持维持现状。[24][30]现时统独比例皆下降且持平，支持台海维持现状者占有绝大多数。
中华民国政府
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金门大胆岛上面对厦门海岸的心战墙，1986年8月金防部司令赵万富上将令烈屿师长龚力少将兴建，翌年同因三七事件去职，刻划解严前的政治主张
两蒋时期
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主条目：反攻大陆、三民主义统一中国和三不政策
蒋中正时代的中华民国政府被大部分反共产主义国家承认为中国之合法政府，坚持认为中华民国政府是中国的唯一合法政府，有权对中国大陆地区（包括外蒙古地区）及台湾地区行使主权[31]，并将大陆地区划为沦陷地区，将台湾地区称为自由地区及复兴基地。以“反攻大陆，光复国土，拯救大陆同胞”作为国策，在台湾岛内实行戒严，严防共产势力渗透台湾，防止重蹈覆辙动摇统治根基。
蒋经国时代以“三民主义统一中国”代替“反攻大陆”。对中国共产党及其政权采取“不接触、不谈判、不妥协”的“三不政策”。中国大陆在改革开放之后，提出一国两制与和平统一作为解决台湾问题，实现中国统一的方针。作为回应，蒋经国提出：“只有中国问题，没有台湾问题。”的说法，以反驳中国共产党的统一方案[32]。蒋经国认为，中国无法统一的主要原因，是中国共产党的制度，缺乏民主自由，破坏中华传统文化，因此形成以中华文化为基础的“三民主义中国”与以马列主义为根源的“共产主义中国”的制度之争。在制度上的各项歧异，让中国无法统一。蒋经国认为，只有以三民主义统一中国，消灭中国共产党的共产主义暴政，重建自由民主的中国，才能解决中国问题，为中国及亚洲带来和平[33]。
李登辉政府
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主条目：特殊的国与国关系
台湾申请加入联合国的文宣
支持台湾加入联合国的政治标语
蒋经国去世后, 1990年李登辉经国民大会当选中华民国第八任总统，全面掌握党政军大权后，于1990年10月7日宣布成立国家统一委员会。当时设置目的在主导台湾海峡两岸关系的发展，依据“民主、自由、均富”，力促两岸统一，并于1991年2月23日第三次会议上通过了《国家统一纲领》。在1991年，中华民国代表以中华台北之名与中华人民共和国一同加入亚洲太平洋经济合作组织，相当于承认中华人民共和国政府的存在，是现阶段统治中国大陆地区的政府。往后，中华民国政府鉴于两岸政治制度及两地人民生活水准皆存在极大差异、观点不受中华人民共和国政府尊重，遂对中国的统一不再一厢情愿。李登辉同时进一步推行蒋经国晚年推行的台湾本土化政策，并且开始强调台湾主体性。
1995年，李登辉访问美国康乃尔大学，成为中华民国第一位访问美国的在任国家元首，美国国会议员和康大校方都称呼他是台湾总统。李总统于欧林讲座发表题为《民之所欲，长在我心》的演讲，当中以英文提及“中华民国”达四次，且指出台湾已实现“主权在民”的政治体系。[34][35][36]引发中华人民共和国政府强烈反应。1996年，李登辉与连战搭档，参选中华民国第九任正、副总统。中华人民共和国政府于台湾海峡举行一连串称为“海峡九六一”的军事演习以恐吓中华民国。美国为防范有事，派遣两艘航空母舰巡防台湾海峡。选举就在“第三次台湾海峡危机”中完成，结果李登辉与连战以54.0%的得票率，赢得了中华民国第九任总统、副总统职位，也是华人历史上首次由公民直选产生的国家元首(参见：1996年中华民国总统大选)。国会全面改选与成功的总统直接民选也更加巩固中华民国的民主制度。
1996年，李登辉当选成为中华民国第一位民选总统后，由于受到中华人民共和国政府的政治压迫，李登辉对两岸关系的态度逐渐发生了变化，也愈发倾向台湾独立。1999年7月9日，他在接受德国之声录影专访的时候，提到海峡两岸的关系，表示“台湾和中国是国与国的关系，至少是特殊的国与国关系”，这也就是著名的“两国论”。该观点导致中国大陆的激烈反应。在李登辉总统任内，台湾认同已逐步开始在台湾社会走向主流地位。
陈水扁政府
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主条目：四不一没有和一边一国
中华民国前总统陈水扁于2008年参加1025反黑心顾台湾大游行时挥舞“台湾中国、一边一国”旗帜
2000年5月20日，民主进步党总统候选人陈水扁当选中华民国第十任总统，是为第一次和平的政党轮替。陈水扁在首次就职时，发表了四不一没有的两岸主张。2002年8月2日陈水扁透过视讯会议在日本东京世界台湾人大会第二十九届年会上发表演说时，提出“台湾应该走自己的路”，重申“台湾、中国，一边一国，要分清楚”，并承诺将推动公民投票，由人民决定台湾命运[37]。相对于特殊两国论仅认为台湾与中国大陆分属不同国家，一边一国论更强调台湾有别于中国大陆之外的独立性。同时扁政府冻结了李登辉时期颁布的国家统一纲领。中华民国任务型国民大会亦通过宪法增修，把公民投票写入宪法，导致中国大陆通过反分裂国家法。
马英九政府
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主条目：不统、不独、不武；九二共识和一中各表
2008年，中国国民党总统候选人马英九当选中华民国第十二任总统，是为第二次和平的政党轮替。他提出一个中国就是自由、民主、均富和统一的中华民国。台湾与中国大陆唯一合法政府就是中华民国。中华民国为自由、民主、均富和统一的国家。但此“宪法一中”的表述仅用于与中国大陆协商时，事实上马英九总统所领导的国民党不但党纲删去了统一中国的文字表述，外交部网站亦承认了蒙古和中华人民共和国建交。以“不统、不独、不武”的说法，在中华民国宪法架构下，维持台湾海峡的现状。在国民党所主张一中各表的九二共识基础上恢复协商。并坚持台湾要安全、要繁荣、更要尊严，“以台湾为主，对人民有利”的施政原则。
2008年9月4日，中华民国总统马英九接受墨西哥太阳报专访时，称两岸不是国与国的关系。[38]
2011年2月7日，中华民国总统马英九强调依据宪法未来官员在口头表达和官方公文中，称呼对岸只能用“中国大陆”或“大陆”，禁用“中国”。2012年12月26日，马英九重申，两岸关系是一种特殊关系，而不是国与国的关系，并指出这种特殊的关系是“互不承认主权、互不否认治权”。[39]
2013年10月10日，马英九在双十国庆上表示，“两岸人民同属中华民族，两岸关系不是国际关系。”[40]
马英九执政期间的两岸政策使两岸关系得以改善，并促成了两岸领导人会面。
蔡英文政府
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主条目：维持现状和四个坚持
2016年1月16日，民主进步党总统候选人蔡英文当选中华民国第十四任总统，是为第三次和平的政党轮替。蔡英文主张两岸维持现状，不接受中国大陆方面所要求“两岸同属一个中国”的九二共识，中国大陆认为民主进步党政府推动文化台独和渐进台独、作为因应加大力度对台湾进行外交层面的孤立。蔡英文执政8年，中华民国与10个邦交国断交，且其驻外代表机构亦被迫更名。
赖清德政府
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2024年5月20日，赖清德在中华民国第16届总统就职典礼时发表了台湾与中华人民共和国互不隶属的观点。
泛蓝政党
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主条目：维持现状和统派
中华民国政党方面的立场则包括泛蓝及泛绿两派。两派主张的共同点是台湾不接受中华人民共和国政府的统治，相异之点则在于“中国”、“中华民国”及“台湾”之界定与未来走向。中华民国泛蓝阵营政党主要包括中国国民党、新党。除了新党及统促党坚决反对台湾独立及提出与中国统一外，其他大多数泛蓝政党愿意在台湾人民的认可下，接受“一中原则”，惟坚持一个“中国”指称的是“中华民国”，而非“中华人民共和国”。由于社会环境与民意变迁，国民党本土派人士增加，国民党在论述中早已不谈过时的中国政权法统，甚至绝大部分人士及媒体都已承认“中华人民共和国”，故仅在两岸政经协商时使用“一中各表”。至于亲民党则采取较新党模糊的偏统论述，在2004年中华民国总统大选时泛蓝副总统候选人－亲民党主席宋楚瑜提出一中屋顶的构想，这个构想类似于政治学上的邦联制。中国国民党荣誉主席吴伯雄在2012年3月与中国共产党会谈中也曾提出一国两区构想。
而一国两府则最早由美国政府提出。1990年，中华民国总统李登辉主持的国家统一委员会，再度提出一国两府的建议。2000年陈水扁当选中华民国总统时，中国国民党主席连战曾再度提出一国两府、联邦制和邦联制等构想，但主要是反对台独。
此外，2004年由台湾大学政治学教授张亚中所提出的一中同表则希望两岸由一中各表的立场更进一步[41]。2015年，中国国民党总统候选人洪秀柱在其两岸政策中亦使用了这一主张，但民调显示六成的台湾人不支持此主张[42]，最后洪撤回一中同表。
泛绿政党
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主条目：维持现状、台独派和华独
台联立法院党团就统独问题召开记者会
台湾泛绿阵营政党主要包括民主进步党、台湾团结联盟、时代力量、台湾基进。这些政党主张大致如下：
主张《旧金山和约》才具有最高位阶的国际法律效力
台湾拥有明确规范的领地、固定的人口、享有主权的政府以及与他国缔结外交与实质官方关系的能力，完全符合国际法中主权国家的定义
民进党党纲第一条：建立主权独立自主的台湾共和国[43]
中华人民共和国理应尊重现状和台湾人民的决定，承认中华民国是代表台湾的主权国家，台湾自始且向来不属于中华人民共和国，中华人民共和国对台湾没有任何管辖权。
民主进步党1999年提出《台湾前途决议文》，并依此作为民主进步党于解决两岸问题时之最高指导原则。
针对过时的《中华民国宪法》以及不适于台湾的部分，认为有需要将过去容易与中华人民共和国混淆不清的地方修正，使人民了解台湾与中国大陆是有所区别的。
台湾自1949年以后就不再是中国的一部分，若是中国欲以武力遂行“统一”，是侵犯了台湾人民的自由意志。
陈水扁分别于2002年与2005年提出了《一边一国论》及《四阶段论》。
2016年中华民国总统选举后，民主进步党再次成为中华民国的执政党，蔡英文执政后以中华民国宪法为论述两岸关系的基础强调与中国大陆维持现状，对九二共识持不承认态度，认为若承认九二共识就是否认了中华民国的合法性。[44]
台湾民众
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国族认同
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由于中华民国政府在国共内战中败退迁至台湾，使得台湾对于中华民国的比重一跃增大。时至今日，中华民国政府实际控制范围即为台澎金马。今日大部分台湾人所认为的台海现状应该是维持现状，不统不独。然而，认同中华民国是台湾论述的支持者认为“中华民国是主权独立国家，主权属于台湾人民”，主张中华民国是台湾的国名，台湾不是中华人民共和国的一部分。另外，有一些台湾人认同以前由蔡英文等人起草、总统李登辉所公布的《两国论》，意即认为“中华民国”与“中华人民共和国”是两个政治实体，或“中华民国是台湾”的论述，意即台海两岸是两个“国家”的政治实体之间在外交及军事上的对立与争执。许多人认为中华人民共和国政府持续以武力威胁和外交封锁，是台湾人民普遍对其产生反感的主要原因。[来源请求]
民调数据
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中华民国行政院大陆委员会在2010年12月的调查数据显示：6.4%尽快独立；17.6%暂维现状以后走向独立；28.4%永远维持现状；34.2%暂维现状以后看情形再决定独立或统一；7.1%暂维现状以后走向统一；1.2%尽快统一；5.2%其它/无意见/不知道/拒答。民调结果显示，支持广义维持现状的比率达到87.3%，显示台湾民意仍继续保持“广义维持现状”的趋向[24]。
2013年10月台湾指标民调显示，有七成台湾民众认为台湾和中国（大陆）是两个各自发展的国家。[45]
值得注意的是，在九零年代本土化加深的台湾，台湾人的身份认同已经逐渐转变为台湾人认同：即当问到你是台湾人、中国人，还是两者都是时，越来越多的台湾民众选择台湾人，而非其他两者。一般认为，在台湾，立场偏蓝或偏绿的媒体在进行民调时，会有所谓的“机构效应”（house effect），然而即便是传统上被认为是亲蓝的《联合报》，在其2006年11月的民调中仍显示，已有高达百分之六十二的台湾民众自认为台湾人，而非中国人。[46]根据行政院研考会于2009年5月进行的民调，认同自己是台湾人的比例达到6成7，认同自己同时是台湾人也是中国人的占1成7，认同自己是中国人的仅1成1。[47]
台湾远见民调在2014年9月进行的民意调查，针对台湾民众的统独观点调查结果显示，赞成统一的只有8.9%、维持现状的有47%、赞成独立的亦有32%。这次调查是由远见民调中心在2014年9月9日至9月12日晚上18:20至22:00进行，以等比例分层随机抽样，抽出电话门号后末二码代以随机乱数处理，并采电脑辅助电话访问方式，成功完访居住台湾20岁以上民众共1020位。对母体各项参数的推论，以95%信赖度估计最大抽样误差分别为±3.1%。调查结果已对受访者性别、居住县市、年龄、教育程度等项进行样本代表性检定，并进行加权处理，但没有说明如何进行加权处理的细节。台湾远见民调在2014年3月进行的民意调查，针对台湾民众的统独观点调查结果显示，赞成统一的只有10.7%、维持现状的有46.8%、赞成独立的有24.8%。
2016年联合报民调显示，自认是台湾人的比率由20年前的44%大幅成长到最近的73%，创该报历次民意调查的新高。认为自己是中国人的比率，则由20年前的31%，下降至这次调查的11%，是历次调查新低。这次民意调查也有10%的人认为，自己既是台湾人也是中国人的双重认同，台中默契咖啡老板陈致豪接受美国之音访问表示与中国对台湾的施压以及看到香港一国两制失败有关。[48]
2016年台湾陆委会民调显示，主张统一为10.5%，主张维持现状为64.7%，主张独立为19%。
2017年6月国立政治大学选举研究中心关于身份认同趋势的长期民调，认为自己是台湾人而不是中国人者有56%，是台湾人也是中国人的有36.6%，是中国人而非台湾人者有3.8%，无意见的有3.6%。[49]
根据2021年联合报“两岸关系年度大调查”，民众对于台湾统独前途的看法：“尽快独立”占18%、“维持现况再独立”占16%、“永远维持现状”占51%、“维持现状再统一”占6%、“尽快统一”占4%、“无意见”占3%，仍以“维持现状”为绝对主流。[50]